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标题: 工具：miRNA数据库大全 [打印本页]
作者: 小丫    时间: 2014-8-15 14:58
标题: 工具：miRNA数据库大全

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9 g( s( y0 n, u1、starBase
7 Y/ m4 y! L. O4 ~+ F- ~) W一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
# U6 k0 k6 @0 d/ f网址：http://starbase.sysu.edu.cn/8 n8 x( R& f4 O# X' w+ w5 b4 d$ ]
2、miRbase. A$ X! J7 h- `: {; d" }) g
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml
( M. i  H! ]# p1 S  U$ X- w/ @
6 Y0 l; ]$ H$ b, |. A) Y; o3、ChIPBase! W3 s; z' b" m7 @& I
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。" Z: q: Q1 ~$ r
网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
* M3 r7 k/ b! L* V4、Tarbase
. n, ^% u, v: `; y* U+ K* e一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。) P: r4 `8 t& L& j' S) ~
网址：http://microrna.gr/tarbase/
/ C& s$ f/ u. l5、miRecords
, o: K3 T* M" j  n2 o& b3 R9 m一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。3 v! D' A" j5 w
网址：http://mirecords.biolead.org/
( |- t, d: G; B( X) ~% m9 w6、targetScan
7 I$ L" T6 O' m  A1 ]! H9 m基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
& R8 X5 y/ K. L& R网址：http://www.targetscan.org/& A; q. U+ C( ^+ n
7、PicTar! [. y& H  A* a
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
) a: h- t- l1 j( n. o  d网址：http://pictar.mdc-berlin.de/
. k; H8 G' E+ H. u2 B9 M. |8、PITA
$ r; t5 S% ?0 M: i& F7 h基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。" ~/ s1 b4 }6 ~3 x# R
网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/
. T% Y) T1 U0 L$ \) l9、RNA225 e+ K4 Q8 E( N4 ~: W4 {, `8 s3 C
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。5 d; |: h3 n  z+ k1 a, N$ g
网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
& [1 k, R# G" k10、miRanda和microRNA.org4 N5 ^- G1 e. s& K
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。) T: V% K) t0 Q1 _' K( E
网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/# ~' S% ~# f4 k- O) L2 d
11、MicroCosm
& L4 A- {5 v+ M; ~- r) uEMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
2 U4 L$ {8 ]4 H) q) s; W; ^网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
  L. K2 X0 \8 P5 c0 ^' @12、miRTarBase  Y: b, z" n0 \
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。  V; M/ o7 R( e3 |
网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
. B3 o9 a( _# F" m- t+ `/ u8 Z13、miRGator v2.0& @9 T: w5 }/ e; S: [: W0 d% b" {- w
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。; S5 R7 X/ W, ]+ h% h& V
网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/* b9 Y9 N1 C0 v$ b6 l+ }7 x' w
14、MiRNAMap
' ]1 h$ Q0 c+ H4 ^, l0 O8 W/ u3 w动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
# E: ^) N% B7 k: h, Y. {# ~网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
% Y; @. j) g9 C) Q: h+ p# Q15、miRDB6 Y# z" I& O# i- ^( f% K
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。: G% y# I- G) H' f
网址：http://mirdb.org/miRDB/$ u+ k4 o- H5 D7 e5 P
16、RNAhybrid
+ j& A+ v- }! o一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。! w9 S& K% R7 A) a! K5 _' B
网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/
) R5 \) R- ]+ h0 g  _17、miRGen" C( q0 Q. }# N( d  _
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。6 }8 e. F- N1 @% V1 j6 a+ {7 M
网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/



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