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韩国首尔大学的科学家Narry Kim(金娜蕊)及其研究小组近日撤回了一篇关于microRNA(miRNA)衰减的文章,因为她们发现,所用的TRIzol试剂会对富含GC的miRNA或具二级结构的miRNA产生不同影响。7 x# a' p5 q4 x; K U' c0 a8 Q" _
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这篇文章去年发表于《Molecular Cell》杂志上。研究人员发现,一旦细胞粘附性丧失,某些miRNA迅速降解。当他们以低密度培养细胞或用胰酶或EGTA解离细胞时,细胞内成熟 miR-141表达水平显著下降,而来自同一个转录本(pri-miR-200c~141)的miR-200c不受影响。当细胞解离时,放线菌素D对转录的阻断导致miR-141的迅速耗尽,半衰期不到1小时,从而表明miR-141是通过高速衰减而导致表达水平发生迅速改变的。在进一步的研究中,研究人员通过其他的miRNA包括miR-200a, miR-34a, miR-29b, miR-301a, 和 miR-21再次验证了这一调控机制。(详细报道请看:http://www.ebiotrade.com/newsf/2011-9/2011926123556850.htm) r) I; ~! e3 V" }4 u7 E* d8 p
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然而,Narry Kim研究小组近日撤回了该文章。她们在撤回声明中写道:“基于我们的结果,我们认为,一些miRNA会根据细胞的粘附状态而选择性丧失稳定性。然而,在后续研究中,我们发现,低GC含量的miRNA(如miR-141、miR-29b、miR-21、miR-106b、miR-15a和miR-34a)会在样品制备阶段选择性丢失,而不是在细胞中降解。”
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# q5 A- `, Q4 U% Z$ j 此外,Kim及她的同事还发表了新的数据,将TRIzol RNA分离方法与另一种不太常用的mirVana方法进行了比较,应用在高密度和低密度细胞样品上。利用TRIzol,她们发现,低密度培养物中的 miR-141水平低于高密度培养物。然而,利用mirVana方法,两者只有轻微的差异。; h2 D6 q0 A; m+ y3 }; R/ d
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作者认为,两个操作步骤的数据不一致提出了一个严重的问题,即某些miRNA可能在RNA制备过程中丢失,这取决于选择的操作步骤。6 q0 M: E0 b8 W
D/ u" o+ x8 q Kim谈道:“科学家不可避免地会承认一些假设,而它们后来被证明是错误的。我们也存在一些技术限制,而在研究的时候未被发现。因此,得出错误的结论有时是不可避免的。最重要的是要诚实,一旦我们意识到,就要纠正错误。” u4 v+ T- W# [6 P1 Z( {: m4 Z! p
, {- X& S& Q- t8 o& `! K 对于miRNA的分离,很多实验室都是使用TRIzol试剂。但从这篇文章的结论来看,TRIzol很可能会影响部分实验结果。吸取Narry Kim的教训,大家最好还是采用两种分离方法,来验证结果的可靠性。同时,希望Life Tech的研发部门好好研究一下,发布更为可靠的操作步骤。 |
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