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标题: Array CGH原理 [打印本页]
作者: 小丫    时间: 2013-12-1 21:31
标题: Array CGH原理
ArrayCGH，又名微阵列比较基因组杂交技术，需提取样本中的基因组DNA，并与基因芯片杂交，杂交结果通过生物信息学的方法，分析样本染色体可能存在的微缺失、微重复。
图1. ArrayCGH的技术流程
" c9 F* M, ~) Q4 `) {
用绿色荧光染料标记待测样本（如：血液或羊水）的DNA，红色荧光染料标记对照样本的DNA。两种标记的DNA经等量混合后，在经过封闭处理的ArrayCGH芯片上进行竞争性杂交，专门的荧光信号接收装置用于分析两种样本荧光信号的强度比率。如果待测样本某区段染色体重复，则该区域显示绿色荧光（绿/红>1）,相应的，染色体缺失区域则显示红色荧光（绿/红<1），待检样本和对照样本染色体片段数目相等的区域显示黄色荧光（绿/红=1）。
! ]& u) ^7 E* A, q; J( ?- I ) {& k! ?0 J- S) q: w, d! f
; M$ @3 x' z3 C' `; l: s4 q4 h

0 L- P# A1 J4 J- z. ]; ^- e. Z. @* X: D/ g* x/ G1 r% m% N0 Z

7 g% q3 X# m9 Z$ N具有传统诊断技术无可比拟的优势  x% W, P) G/ C) u2 M# V

6 b/ P! L0 u# K3 c, g

$ I. |  Z, _/ \/ m. e9 h- q& L; R& X+ \! @. l

' Z8 N) V# {' d/ `" q1 p! d8 K0 d  [核型分析
( b( s- ^/ C7 y! x) \FISH
: [7 Z7 u7 k8 x7 TArrayCGH
3 f! U! a2 @; N; ?6 n( p
适用样本类型		% f$ Y2 o2 w1 E# |7 p, g- @
有限
. y2 z& O! K% X有限
  k+ O# m$ K* L广泛

7 H; F( l! {9 h2 _* }* g, T检测范围 		# S& K) B/ u% l) a% m0 e/ @
46条染色体		6 w. K9 D" a% }2 u
已知序列特定区段		7 i( B2 M0 i1 N* I: n; @+ V1 k$ ^1 t
46条染色体

, a- I7 G8 K8 r- l& `分辨率
1 u* I8 I+ s! b# A5-10Mb		$ j# [9 @5 D6 F) H
大于300kb		' R/ Q3 P+ u( @  _. k0 _6 Y
30Kb

5 \4 w4 g; _) `% [. W5 b覆盖疾病种类		3 x: ?3 R1 r# N; D# K( H  [( L
少
$ Q9 k: {" |4 `" g少
( g/ r8 C' `/ b大于200种
/ G: V; J2 j, `( c8 |
检测时间
* v5 V; h4 S$ I9 T# Q4周 		* ^2 _1 r# D: [7 j6 J  y
4周
+ s  v  H2 [' h  G0 J7-10天

5 i$ J- [7 e: h9 [" M! Q检测效能 		) m! T. p- c. Z& f0 e! e" ^
全部染色体		  S% _  [5 S1 `7 N2 G
一次仅能检测
) F( y4 P+ J* P4 b2 `数个位点 		, \+ u6 i: Y5 H/ X5 ?: |. o
全基因组覆盖

4 A* E, Z' b! \7 |8 z4 `( v操作难易度
3 i; s+ s) T% {需细胞培养，存在人为误差
" `$ a0 O) f3 J; B: C: B/ N8 o要求高，存在人为误差		1 H7 K3 c: Y. Z. y% n" Q
无需细胞培养，人为误差小
0 {4 X- \! o+ w0 i' D( [* K
工作量 		, N) V  o8 H- R1 ~- j
人工操作，工作量大		9 B% k  ?! m) S
人工操作，工作量大
7 ?# ]& L1 @# e/ e6 ]自动化，工作量小
9 }" }( B% H6 ]" O) j$ M
1 q# p5 X4 G7 k" S+ C( l
' s& A: {( i1 {
) M/ G$ _) @$ |& J3 U8 Z
, O. a. n; ~3 X" N

  C/ V( z7 z1 `. s9 ~* \Array CGH在产前诊断领域可用于：( o- N' `/ T. q5 N; V
# l. x5 R; I6 {! X
作者: 小丫    时间: 2013-12-1 21:39
工作中您是否曾面临这样的困扰： 8 K  I1 n4 D7 ~: w( \% o% f5 `/ y% }

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) y' P2 F0 A! V- Q5 ~: a1 \
( M! ]' T& V& V! z- B
/ x9 i, {; o+ @- L+ E# o& o7 k6 O: h  \7 p6 b  \# g

3 A8 j+ I0 v) N/ n
, ?  s2 f8 W) J7 @Array CGH技术可以为您的工作排忧解难 9 Z0 h4 d4 u( f$ |- f
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, T! y% n) j! m( z4 A
众多的研究发现，即使胎儿核型分析正常，仍可能存在未被发现的染色体畸变。
% M. u% n, w) e% P1 ORonald J. Wapner等人对3822例核型正常的样本用ArrayCGH检测，发现96例（2.5%）存在致病或可能致病的染色体拷贝数变异（copy number variations,CNVs）。其中，在超声异常但核型正常的人群中，发现6.0%的染色体致病CNVs；在高龄或唐筛高风险人群中，该比率分别为1.7%和1.6%。
产前诊断指征
正常核型
Array CGH检测结果
良性CNVs
致病CNVs
不确定CNVs
致病的CNVs &可能致病的CNVs
可能良性CNVs
可能致病CNVs
高龄
1966
628（31.9%）
9（0.5%）
37（1.9%）
25（1.3%）
34（1.7%）
唐筛高风险
729
247（33.9%）
3（0.4%）
13（1.8%）
9（1.2%）
12（1.6%）
超声异常
755
247（32.7%）
21（2.8%）
16（2.1%）
24（3.2%）
45（6.0%）
其他
372
112（30.1%）
2（0.5%）
3（0.8%）
3（0.8%）
5（1.3%）
总计
3822
1234（32.3%）
35（0.9%）
69（1.8%）
61（1.6%）
96（2.5%）

% F8 E8 Q) Y' X) J参考文献：Wapner RJ, et al. Chromosomal microarray versus karyotyping forprenatal diagnosis. N Engl J Med 2012;367:2175-84.
7 k7 o# J7 G& ~( y0 X
: q1 U: V4 z4 F' |' `+ M- r" ^
& [3 {0 k# c0 e, `. TAparna Prasad等人比较了Array CGH与另一芯片检测平台SNPArray在检测泛自闭症障碍（autism spectrumdisorder，ASD）患者方面的优劣。分析了615个ASD患者，发现有64%与ASD致病相关的原发性CNVs仅被Array CGH发现，而SNPArray却漏掉了。

/ @( n5 v) v) z; U参考文献：A. Prasad, et al. A Discovery Resource of Rare Copy NumberVariations in Individuals with Autism Spectrum Disorder. G3 (Bethesda). 2012Dec;2(12):1665-85.



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