麒麟生育论坛
标题:
工具：miRNA数据库大全
[打印本页]
作者:
小丫
时间:
2014-8-15 14:58
标题:
工具：miRNA数据库大全
2 L9 H* C9 n9 g/ K K; c
3 u7 |4 d' d( }9 n* y5 e
1、starBase
4 H8 J8 n7 x: O$ u: s
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
5 ]5 g9 T6 b. b: |2 g" @! A# g6 T
网址：
http://starbase.sysu.edu.cn/
5 t8 l4 }( ~5 l" m$ w# g# J
2、miRbase
! B" u3 ]0 Q' l* k, h5 Q
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：
http://mirbase.org/index.shtml
; R, `6 D# K8 g) N \: Z. |2 c/ l$ j
$ V) E" U3 d" J5 P
3、ChIPBase
4 ^. j8 k6 A+ H% B
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
8 ~* {; _% |$ H# G
网址：
http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
# y3 k* a! \* K
4、Tarbase
% f! @0 f3 {$ P$ A
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
$ P! i, t7 Q& _5 @8 N5 F
网址：
http://microrna.gr/tarbase/
* G/ Y% N6 I0 U) v8 M* E+ Y9 \
5、miRecords
% |4 E1 [2 ]7 h
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
) t! ~5 N; V( A
网址：
http://mirecords.biolead.org/
+ \& M0 c+ X* ]5 P
6、targetScan
5 {& e2 i7 ^% O( Z. H& K2 W
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
u9 @" N% `% ^, y
网址：
http://www.targetscan.org/
9 M K& A W3 A: i
7、PicTar
5 W! y) g* z' p
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
7 I* ~$ P# o0 o4 ^4 S) m& ~
网址：
http://pictar.mdc-berlin.de/
8 r/ ~) V/ O) W( q9 y# ]- N Y
8、PITA
& K) T6 M- ]2 i4 Z" t4 R9 i* h
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
' A1 F. |" ^6 @0 s) x% D5 v# z
网址：
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/
" `2 l6 m% D' p! u
9、RNA22
: V: k. a* e/ h2 T4 Q: N6 z C
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
7 s! W6 y1 P9 w7 t$ G
网址：
http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
' U. T8 O' k) Q% E6 O9 o# k. k
10、miRanda和microRNA.org
c' K" r) P: d7 Q1 w
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
9 z6 K: D! p7 F+ j m$ B
网址：
http://www.microrna.org/microrna/home.do/
5 r9 [7 j9 I7 u
11、MicroCosm
& p8 f" Z2 F$ k7 l. ?: C3 Z. \
EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
* M/ y0 B+ r6 v5 ^
网址：
http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
/ c y0 V2 \0 p+ d/ G2 w
12、miRTarBase
i5 p; A' G" L- t2 ?
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
$ F, c( {( u8 t8 M0 j3 M; u
网址：
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
+ O3 u6 P% ^+ `. V3 w
13、miRGator v2.0
0 p; y8 m0 C7 q# j1 ?5 Q% q/ j
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
: b) o6 O' N' t
网址：
http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
$ h0 d. _, [7 {2 E; g1 A o& _
14、MiRNAMap
) E% U4 Y; r" U ?+ n
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
# R0 o8 U3 c) b) b$ s
网址：
http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
2 u8 | ]6 }, a( B" k0 r; N" [
15、miRDB
: `& l0 D0 W$ A: W3 R0 s8 q. T* o
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
4 L7 l* s7 j! N* g( `& `
网址：
http://mirdb.org/miRDB/
}- o" V5 g7 o* c
16、RNAhybrid
& q. { ^6 S- E$ G, u% m! I
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
- p) A- _, m8 q: r; O
网址：
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/
5 w- _/ M0 t, S1 I& a2 u1 ^; f
17、miRGen
% P5 K* S6 X1 Z) } b3 r' ~% `
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
3 B% z+ z$ k0 U% z
网址：
http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/
欢迎光临 麒麟生育论坛 (http://www.cnqilin.com/)
Powered by Discuz! X3.3
2 L9 H* C9 n9 g/ K K; c2 L9 H* C9 n9 g/ K K; c