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Cell子刊:随机表达的等位基因

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发表于 2014-3-12 23:05:43 | 只看该作者 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
也许你继承了母亲黑黑的大眼睛,也许你遗传了父亲那富于感染力的微笑。实际上,我们这些特征所对应的基因都有两个拷贝(等位基因),一个来自于母亲,一个来自于父亲。这些基因在胚胎的发育过程中,决定着相应蛋白质的生成。
有时细胞只采用了常染色体基因的一个拷贝(激活两个等位基因中的一个),这种现象被称为单等位基因表达(monoallelic gene expression)。冷泉港实验室(CSHL)的David Spector教授领导研究团队比较了成熟细胞和干细胞中的单等位基因表达,发现这种随机现象在成熟细胞中更为常见,文章于二月二十四日发表在Cell旗下的Developmental Cell杂志上。这项研究向人们展示了基因表达的随机性和多变性。
细胞对于蛋白的量非常敏感,蛋白过多或过少都会引起包括癌症在内的多种疾病。举例来说,被称为肿瘤抑制子的蛋白,可以限制细胞的生长。如果细胞只含有一半这样的蛋白,就可能形成肿瘤。随机的单等位基因表达会使蛋白的量减半,因此这一机制可能对疾病有显著的影响。
Spector和文章的第一作者Mélanie Eckersley-Maslin指出,单等位基因表达确实是一个随机的过程。“这一过程不具有任何确定性,”Spector说。“在进化过程中,基因表达的灵活性和随机性对于物种的适应能力非常重要。不过,目前我们还不清楚这一过程在生物中的作用机制。”
为了更好的理解细胞建立单等位基因表达的时间,Spector及其团队与欧洲分子生物学实验室展开了合作。他们通过先进的测序技术(RNA测序)和分析工具,在两种不同类型的细胞中全面评估了等位基因的使用情况(胚胎干细胞和已分化的神经元前体细胞)。胚胎干细胞能够分化形成几乎所有类型的组织。
研究显示,在已分化的细胞中,发生单等位基因表达的基因增加了5.6倍。“随着细胞分化的发生,基因表达发生了很大改变,细胞选择特定的一套基因进行表达,细胞核中出现了广泛的改组,” Spector说。“正是这些显著的变化促成了随机的单等位基因表达。”
研究人员还惊讶的发现,在发生单等位基因表达的基因中,有8%提高了自身的表达水平,以弥补蛋白产量的不足。他们推测,细胞可能需要较多这些基因的蛋白产物。此外,研究还指出,组蛋白修饰可以体现等位基因的活性差异。
“这项工作引出了许多重要的问题,”Spector说,“例如,细胞如何决定每个蛋白的正确产量?这其中有多大的灵活性?引发疾病的临界点在哪里?”下一步,研究团队将会逐一解决这些问题。

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 楼主| 发表于 2014-3-12 23:05:59 | 只看该作者
Random Monoallelic Gene Expression Increases upon Embryonic Stem Cell Differentiation
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9 q& v0 v9 b  PRandom autosomal monoallelic gene expression refers to the transcription of a gene from one of two homologous alleles. We assessed the dynamics of monoallelic expression during development through an allele-specific RNA-sequencing screen in clonal populations of hybrid mouse embryonic stem cells (ESCs) and neural progenitor cells (NPCs). We identified 67 and 376 inheritable autosomal random monoallelically expressed genes in ESCs and NPCs, respectively, a 5.6-fold increase upon differentiation. Although DNA methylation and nuclear positioning did not distinguish the active and inactive alleles, specific histone modifications were differentially enriched between the two alleles. Interestingly, expression levels of 8% of the monoallelically expressed genes remained similar between monoallelic and biallelic clones. These results support a model in which random monoallelic expression occurs stochastically during differentiation and, for some genes, is compensated for by the cell to maintain the required transcriptional output of these genes.
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