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9 ]% @1 S- F3 a* h: P0 S- [" b: I
1、starBase
+ p6 B: R. X3 A1 Z0 W7 ~$ |一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
H4 y' q) K0 x, p; a网址：http://starbase.sysu.edu.cn/
( V# O( e4 f* G, G+ f2、miRbase& {; x3 W" C' O+ N
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml. o; v* g4 H4 P O. g+ m
1 a6 X7 \# h9 k) b3 D3 p% K- _: Y# Y2 e3、ChIPBase: R7 `) S# |; O- R. `" n" B
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。3 K+ g- {. _* h
网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/+ p5 J% F+ R! B9 e2 l4 ]! o
4、Tarbase
. w8 R( v) j( Z1 y( Q/ Y一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。1 y( _0 m# Z% f1 A( E) D2 E
网址：http://microrna.gr/tarbase/
: o X9 X& l. o0 y" K# k5、miRecords
& q( b' d1 A: i4 @% R( ^: x一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
1 ^. o, \2 X: ~+ P* e网址：http://mirecords.biolead.org/" C, A1 R. H2 B, X7 }
6、targetScan
$ e J1 O# u* R6 o基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
" f( B% ^% s* ^0 d: \网址：http://www.targetscan.org/* } w6 ?$ H& t" U6 J. @% b. O# Q3 y
7、PicTar0 x1 Y; w/ |, o1 ]7 T) f, ?+ E
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。# U) b. x* h% L6 L1 d& f H* C
网址：http://pictar.mdc-berlin.de/1 P: A. w! V' E1 c% q3 K
8、PITA
% v1 H& p9 t9 D0 N# `基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
$ q4 A) o! W: ^网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/3 X% N3 T0 t0 K& ?
9、RNA22
7 w; W- A3 w) Z, \3 k基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。$ V: l; M0 }, O" i0 V& l8 G
网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
" |4 D" a6 ^9 { l, ^10、miRanda和microRNA.org
0 Z2 r! x8 e( [是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。1 u& K9 u+ v2 e( X) |' `
网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/
& `1 q/ c; D9 O0 B! U8 j) _- n11、MicroCosm
( x; ^# Y' p, A" P+ w) [EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
' J8 a! Z# Q2 j) r- G3 ^* ^网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/7 n3 M$ E8 v; I/ y, q! e
12、miRTarBase9 |: ^8 x( C6 t/ h
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
; J6 @$ }1 S2 F& E网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
3 z: n& A. E; }8 k. b- c13、miRGator v2.0+ @, z' u# N: f7 H- ^
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。$ F, ^" T" A2 P% P" g2 o9 C
网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/5 b) E! q: E: c# ]: F# Y. ^; _0 y
14、MiRNAMap; Q$ o. i1 i. g# a; y9 B7 t8 L
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。% i: Y E" j3 i; q
网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
( U3 m1 X4 ^3 E) B- e15、miRDB
# z7 l; y( O; {动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。8 A& T/ b- p4 K! O+ Y
网址：http://mirdb.org/miRDB/
- X% Q; m6 f! h: [/ Y( H16、RNAhybrid. ^( m$ B4 g, Z# O0 E
一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。9 c5 i, x6 C% d! [
网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/# f A6 k6 I7 {% T* a# ^4 N1 X5 i- d
17、miRGen+ q. P7 r; F7 j0 g# P% |
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
7 W* U" c) G/ } J E3 {' m- S, L网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/ |
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发表于 2014-8-15 14:58:05
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