工具：miRNA数据库大全

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1、starBase
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
$ w8 t8 W. Q4 S. d6 X% e* g网址：http://starbase.sysu.edu.cn/
) v- H0 @% W( z0 _+ _2、miRbase
5 v1 g$ V  p  I4 a3 ^1 t/ T众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml

3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
: W6 s/ M5 f8 \- e( M1 ~% D1 _网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
4、Tarbase
& Q3 }2 O. l7 D& t+ R/ y1 N一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
3 j+ q+ r1 |% M7 t8 g0 T' `. Q+ e网址：http://microrna.gr/tarbase/
5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
4 U7 t" |% P$ h7 b; y6 f5 T网址：http://mirecords.biolead.org/
6、targetScan
% c$ U: {7 o9 R. t4 I, @+ ?# r基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
; g! |$ t5 x1 s1 i网址：http://www.targetscan.org/
' Z& X( r8 u/ S7 o7、PicTar
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
3 ]8 ^, p( Y' ~6 d% X( R) G/ g6 C网址：http://pictar.mdc-berlin.de/
8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/
9、RNA22
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
8 f" s% K( x% y0 W' }: p8 x% W网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
, |" s6 J4 A5 S4 g网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/
& f4 }1 b1 E$ a, S. P11、MicroCosm
) E0 G# m. S* ZEMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
/ Z' x8 e  L& b& ]网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
1 t) j: o) V  U6 `; Q, L* W. N& j12、miRTarBase
* q2 h; D% ]! h- m# h  O' d整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
# C7 H; a4 A& h2 P' b) Z% s& ?* n网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
13、miRGator v2.0
( ^; U0 _' Y) P整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
0 [1 N+ O, a' X& x, X2 j" x& D! [4 p网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
3 F. x1 Q& E* e: d: B; x* T14、MiRNAMap
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
- x/ C! P; ^+ P0 n+ N网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
15、miRDB
$ `! D' [+ ^5 U8 L. X# @& a! g" _1 j动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
& H8 p! {4 D: @- }4 p: v网址：http://mirdb.org/miRDB/
4 D) |. G2 h8 b& P7 w$ X& U1 M16、RNAhybrid
( H/ H2 Q# V( L" X7 e' j1 k一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/
' g6 G' p. R1 `: b& O17、miRGen
) i6 Y* W- R' l$ u* R" l: zmicroRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/