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 % n1 A$ E0 J1 V# \% e& [: Q
1、starBase
0 }- j& @3 V! j一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
4 f. a, M0 R0 d, O; |网址：http://starbase.sysu.edu.cn/! \! d3 v. _0 H2 a: r
2、miRbase) u2 A4 J* J9 A+ \# W
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml
; w- R- c: q! ]# U# ?! ~3 g2 F/ W) y0 b
3、ChIPBase
9 K! e: B2 ]8 |* R2 ?; d+ b整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
B) T( Y. L. o2 T网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
/ ^9 t; g; V* O' _4、Tarbase
: C( N( { q4 W5 R; A一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
! y0 A3 e) X: h, A" `网址：http://microrna.gr/tarbase// M9 ^* n! L! U" I" e& C0 D1 V
5、miRecords
, S. q! f/ f5 {0 \9 C一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
" u a" }7 p# C4 k @8 u0 p5 m网址：http://mirecords.biolead.org/
4 R# E0 R& T3 ~) _6、targetScan3 b" w( G% U/ A% z8 g
基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。, O) J6 F7 |5 j$ q# d
网址：http://www.targetscan.org/
0 l8 l" `; J# T/ ~& U7、PicTar, e3 h5 a( j& g( s
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
1 C" d/ K2 p% r' m6 E网址：http://pictar.mdc-berlin.de/
4 b5 [+ r+ P! p; i/ ]8、PITA7 c- W8 p% O9 p: m; Q% F. Y
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。4 X9 U; \9 O1 H/ n; Z6 Q$ t
网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/( H7 \1 H; _1 }2 a/ H
9、RNA22) N: M& [4 G* M J1 @ d7 t
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
m/ D: w) {) }网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/9 ^% l J1 C& L
10、miRanda和microRNA.org
6 c: B9 w# @! j1 _" p, O是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
, N. D, R$ i: T; i- a2 e/ W9 E0 L网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/0 O2 n4 Z2 d+ b0 e w% s8 t# P
11、MicroCosm
& g- A: f# i& N8 E9 i7 ]EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
$ I. j. {* q6 A- o! O2 b- v网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
" m3 k" c! y* `) x6 E, x* L8 T: Q12、miRTarBase& {3 F2 W: U; D0 d* f4 |2 ?
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
* U3 z1 Y1 ~# _, W) Y1 H W网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
8 T" g! ?. _( t* G# g13、miRGator v2.04 [/ M- k- q- j) ?; w9 Y5 {
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。* l. J0 P' a" \* [& H" J# ^
网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
: A5 X( O/ [0 y, h14、MiRNAMap9 l' ~9 X! l) c" q) J+ ?
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
3 i, \) D9 d9 m# h网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/8 f8 k: H' z. n% o6 e
15、miRDB ~- q4 n- }; [/ N) r0 n
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。! @+ r: m' L# x. Q) S3 P+ |
网址：http://mirdb.org/miRDB/
4 e4 T& U( S$ L. z16、RNAhybrid
/ w. h2 H5 v% D0 B一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
M0 [$ }5 I; t2 s7 I' V网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/9 b; L V e A0 U4 d0 x# H7 z) `2 p
17、miRGen9 r# l" \5 r) e' @% @
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
! D. t: s# ^2 [/ P网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/ |
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发表于 2014-8-15 14:58:05
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