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 ; t5 \/ Z! X: a. Q6 D" y6 D5 \
' b. O( B+ X( m2 {8 q. r7 L1、starBase1 Q4 V# v8 f% V& O, f
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。: r; Y; O& J* J- \' ?2 H
网址：http://starbase.sysu.edu.cn/% z9 i! h7 L, m! T2 o& I
2、miRbase8 S/ i# E8 L3 Q. \3 I- a: V4 s: a4 m5 y; `
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml5 S$ Q$ G- u& H- A: r6 D
5 [- T3 A/ m8 B! |4 S. N0 |3、ChIPBase6 \7 H( } c% Z
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。, A! P; r8 i" D/ j( @
网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/5 Z9 I6 V- C0 }: R4 N
4、Tarbase
; b6 {# e2 M; |2 p4 A+ [一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
& [0 f* n, E: `) ?# }7 y网址：http://microrna.gr/tarbase/
, m6 c9 I m- M3 s4 W5、miRecords: J" o9 }1 \7 {
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。2 p) X" ~$ D6 d* K3 A. F$ X2 J
网址：http://mirecords.biolead.org/9 j* Z& C2 @' q" V! C; Q! [
6、targetScan
6 U5 z: Z. i# ]0 G! z8 I: T基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。3 V: ?% d; S* i6 r, n0 c
网址：http://www.targetscan.org/
. s9 i) P1 t( l$ N1 [. h, i# p7、PicTar
: e: ^* v x4 O( Y基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。6 x, ?* h+ M+ [2 B/ Q, J
网址：http://pictar.mdc-berlin.de/. Z9 y1 J" @$ x# b, B
8、PITA3 c: E. U: L/ W5 `
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
2 g& S; g0 t) R网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/
+ v/ [, z$ U3 |4 X. e- \9、RNA22+ B0 U1 X; D! h/ B% y' y5 L
基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。8 H3 p% H4 ]' m$ T7 ^2 c- K. R
网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
7 \2 _# p; A5 A2 ^" x& b: H10、miRanda和microRNA.org
! h$ s) h4 P& l+ k) V是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。( N2 j) _& Q& W. H/ V5 Y5 [. [ @) \
网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/0 T- y+ S, f: y, X
11、MicroCosm' B) i4 Y/ |" G6 _$ J L0 `8 N8 [
EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
% Y4 h6 i6 x( U1 G Z, z$ w0 V! @; q网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/# a7 S1 m: g9 [+ ^, z7 G. P8 Q
12、miRTarBase" ]$ A- |! A! `7 G; R6 s) d
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。1 O! a5 A4 O3 y2 {- m Y! S" ]" w4 P; O
网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
! q" o6 R9 ~2 U9 ~0 C13、miRGator v2.0
6 O. @' f( \$ m整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
! _' v( F" @; ^6 H网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
9 ? {* w' M, K9 o. k14、MiRNAMap
g7 ]% Y r1 h# B5 J; Q1 Q动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。1 E/ Q7 V, y0 c6 ^2 A. h3 j- q$ x3 w8 Z
网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/4 Y& ^+ D$ L" y4 ]
15、miRDB
; Y6 ]+ B, n q: u3 R8 t! }动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。# Y! l8 U& l- H4 |
网址：http://mirdb.org/miRDB/7 Z8 l+ J6 y* A0 f% j- M/ X4 L1 k
16、RNAhybrid
) I- ?# ~0 c! ?8 U. K一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
0 B0 ~, f. b3 ~1 ?* W$ A) W网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/
% H o% I6 ]5 E4 k/ j6 f n17、miRGen
. r0 l2 C+ `: Y6 X/ gmicroRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。6 i9 w' X5 L9 X4 \" A7 b
网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/ |
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发表于 2014-8-15 14:58:05
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