工具：miRNA数据库大全

小丫

1、starBase
一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP,PAR-CLIP,iCLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,包含了miRNA-mRNA，miRNA-lncRNA，miRNA-circRNA，miRNA-ceRNA 和RNA-protein等的调控关系。整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。最新版本发布时间：2013年11月。
网址：http://starbase.sysu.edu.cn/
2、miRbase
众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml

( ^+ o) n, ]' S* s- }3、ChIPBase
整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。
5 ?- r$ n' Z: h: H1 L网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/
" x$ Q; U  m! k6 \- G4、Tarbase
一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月。
! t0 [6 R" z" C9 u7 k1 C4 \网址：http://microrna.gr/tarbase/
' X8 z& p1 S& t6 B: a* W2 p1 z% v5、miRecords
一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。
: B" {5 |  v: f1 ~( x网址：http://mirecords.biolead.org/
6、targetScan
. J  m7 c! y1 f基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月。
6 z3 |9 S8 T5 `: W8 P( _- }网址：http://www.targetscan.org/
' r' D+ \  y* Q9 \2 `3 @7、PicTar
基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。
$ J# M' S- p- M( t4 i# H网址：http://pictar.mdc-berlin.de/
/ T, J- n* Q: U# w  Z$ v  B8、PITA
基于靶位点的可接性和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。
网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html/
, \+ b: q* c. ]) r9、RNA22
0 ~3 b& Y2 H+ u, m( h3 P% j基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。
5 J" S8 c  _& O1 q网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html/
% a/ W8 A: [/ G4 Y# E' i10、miRanda和microRNA.org
是著名的MemorialSloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。
! }2 ^% R. Y, C" r* o6 R+ ?网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do/
3 ]$ P$ E' E0 L11、MicroCosm
: M! E; c7 O% A" [EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/
12、miRTarBase
整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。
' ^$ ?0 i$ K* V( ?; `网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html/
( u0 n) N( Q3 ~& ^7 @% t! z* _13、miRGator v2.0
整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。
网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/
14、MiRNAMap
动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。
: c) d. k/ h+ d' D" b网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/
3 T- b1 F* R/ b" ~1 [1 ~15、miRDB
动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。
6 K4 [2 C. V) A/ Q2 A0 h0 z4 ?网址：http://mirdb.org/miRDB/
& _. D" Z% a. ~! o/ u16、RNAhybrid
- m6 f* A  N; m; `& t一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：2011年6月。
3 e. r5 f- l; z  o+ _, H网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/
17、miRGen
microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2007年1月。
网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html/